Teenage Mutant Ninja Turtles: Out of the Shadows lấy bối cảnh tiếp nối phần một, khi các chú rùa ninja đã đánh bại tên hung đồ Shredder và trở về với cuộc sống “lành mạnh” thường nhật: ăn pizza và chơi “tàu lượn siêu tốc” dưới các đường cống ngầm. Tuy nhiên vì sợ làm cho người dân thành phố khiếp đảm bởi hình dáng của mình, 4 anh em đã quyết định “đóng vai Batman”, mai danh ẩn tích và nhường lại mọi công trạng cho anh chàng phóng viên Vern Fenwick. Thế nhưng Shredder vẫn chưa từ bỏ tham vọng, hắn cùng với tiến sĩ loạn trí Baxter Stockman nghiên cứu và lai tạo ra được hai gã đột biến nữa là Bebop và Rocksteady, khiến các anh em nhà rùa phải lao vào một cuộc chiến nữa. Nhưng thế thì vẫn chưa đủ khổ sở, khi từ giữa khoảng không, con tàu của gã người ngoài hành tinh Krang bỗng xuất hiện và cũng đang nhăm nhe san bằng thành phố New York.